Choukri Mesli naît le 8 novembre 1931 à Tlemcen, dans une famille d'intellectuels et de musiciens, et y fait de 1937 à 1947 ses études primaires et secondaires. Sa famille s'installe à Alger en 1947. La même année il réalise ses premières gouaches et, de 1948 à 1951, est l'élève de Mohamed Racim à l'École des beaux-arts d'Alger. Il participe en 1950 à la création de la revue « Soleil », au mouvement des idées d'émancipation diffusées autour du journal Alger républicain, fonde le « Groupe 51 » avec de jeunes poètes et peintres dont Kateb Yacine et M'hamed Issiakhem, et participe au Salon des orientalistes. De 1951 à 1953, il poursuit sa formation auprès de différents professeurs des beaux-arts. En 1953, il organise une exposition de la jeune peinture algérienne avec Sauveur Galliéro et Louis Nallard dans la salle du Crédit municipal d'Alger et obtient le premier prix de la ville d'Alger.
En 1954, Choukri Mesli entre à l'École des beaux-arts de Paris et réalise l'année suivante sa première exposition personnelle. Il expose en 1956 avec le Marocain Ahmed Cherkaoui, participe à la grève des étudiants et milite au sein du FLN en renonçant à toute exposition. Il doit s'occuper de la défense des membres de sa famille arrêtés au maquis, sa sœur Fadela en 1956, son frère Amine en 1957. Il se marie en 1957 avec une camarade des beaux-arts de Paris dont il divorcera en 1964. De 1958 à 1960, il réintègre l'École des beaux-arts et deviendra le premier Algérien à obtenir un diplôme supérieur en arts plastiques. De 1960 à 1962, Mesli séjourne au Maroc, à Rabat, où il exerce comme professeur de dessin et où naît sa fille Sophia.